Natsume Takashi dapat melihat badan -badan rohani yang orang biasa tidak dapat mengesan sejak zaman kanak -kanak, dan keupayaan khas ini telah disembunyikan dengan teliti olehnya.Walau bagaimanapun, sejak dia mewarisi buku misteri yang ditinggalkan oleh neneknya Reiko, dia secara beransur -ansur memahami mengapa dia selalu dikelilingi oleh makhluk -makhluk ghaib ini.