"Lego Ninja: Tornado Üstadı" (2011) olaylarından sonra, Ninjas - Kay, Jay, Cole, Zan, Lloyd ve Naya, daha da şiddetli zorluklarla karşılaştı.Bir zamanlar barışı sürdüren toprak olan Ninjago, bir kez daha gölgede örtüldü ve yeni bir güçlü düşman, zor kazanılan sükuneti kırmak için sessizce yükseldi.Benzeri görülmemiş krizlerle karşı karşıya kalan ninjalar el ele vermeli ve inanç ve cesaretle rehberlik etmeli, kaderin yargılanmasıyla yüzleşmeli ve sevdiklerini korumalıdır.