In dieser Zeit haben sich Menschen in zwei Unterarten unterteilt: Naturals, die auf der Erde leben, und Koordinatoren, die genetisch optimiert wurden, haben eine stärkere Anpassungsfähigkeit, können dem harten Test der Weltraumumgebung standhalten und in umkreisenden Kolonien leben, die die Erde umgeben. Der Protagonist der Geschichte ist ein junger Einsteller, Kira Yamato.Das ursprünglich friedliche Leben wurde vollständig verändert, nachdem eine neutrale Raumkolonie vom Einsteller überfallen worden war.Kira war gezwungen, sich in diesen Krieg zwischen den Rennen zu beteiligen, und die Gänge des Schicksals wenden sich von da an und schob ihn in die Mitte des Sturms, in dem sich das Feuer des Krieges und die Menschheit verflochten hatte.In diesem Konflikt werden seine Überzeugungen, Emotionen und seine Identität beispiellos geprüft.