Bu dönemde, insanlar iki alt türe ayrılmıştır: yeryüzünde yaşayan naturals ve genetik olarak optimize edilmiş koordinatörler daha güçlü bir uyum sağlayabilir, uzay ortamının sert testine dayanabilir ve dünyayı çevreleyen yörüngede yaşarlar. Hikayenin kahramanı genç bir ayarlayıcı Kira Yamato.Başlangıçta barışçıl yaşam, nötr bir uzay kolonisi ayarlayıcı tarafından bastırıldıktan sonra tamamen değişti.Kira, ırklar arasındaki bu savaşa katılmak zorunda kaldı ve kader dişlileri o zamandan dönmeye başladı ve onu savaş ve insanlığın iç içe geçtiği fırtınanın merkezine itti.Bu çatışmada inançları, duyguları ve kimliği daha önce görülmemiş bir şekilde test edilecektir.