En esta época, los humanos se han dividido en dos subespecies: los naturales, que viven en la Tierra, y los coordinadores, que han sido optimizados genéticamente, tienen una adaptabilidad más fuerte, pueden resistir la dura prueba del entorno espacial y vivir en orbitaciones de colonias que rodean la tierra. El protagonista de la historia es un joven ajustador, Kira Yamato.La vida originalmente pacífica se cambió por completo después de que el ajustador asaltó una colonia espacial neutral.Kira se vio obligada a involucrarse en esta guerra entre las carreras, y los engranajes del destino comenzaron a girar desde entonces, empujándolo al centro de la tormenta donde se entrelazó el fuego de la guerra y la humanidad.En este conflicto, sus creencias, emociones e identidad serán probadas sin precedentes.