Dalam era ini, manusia telah dibahagikan kepada dua subspesies: naturals, yang tinggal di bumi, dan penyelaras, yang telah dioptimumkan secara genetik, mempunyai kesesuaian yang lebih kuat, dapat menahan ujian yang keras terhadap persekitaran ruang, dan hidup di koloni yang mengorbit di sekitar bumi. Protagonis cerita itu adalah pelaras muda, Kira Yamato.Kehidupan yang aman pada asalnya telah berubah sepenuhnya selepas koloni ruang neutral diserbu oleh pelaras.Kira terpaksa terlibat dalam perang ini antara kaum, dan gear nasib mula beralih dari masa itu, menolaknya ke pusat badai di mana api perang dan kemanusiaan saling berkaitan.Dalam konflik ini, kepercayaan, emosi dan identiti beliau akan diuji tidak pernah berlaku sebelum ini.