Nesta época, os seres humanos se dividiram em duas subespécies: naturais, que vivem na Terra, e os coordenadores, que foram geneticamente otimizados, têm adaptabilidade mais forte, podem suportar o teste severo do ambiente espacial e viver em colônias orbitativas que cercam a terra. O protagonista da história é um jovem ajustador, Kira Yamato.A vida originalmente pacífica foi completamente mudada depois que uma colônia espacial neutra foi invadida pelo ajustador.Kira foi forçada a se envolver nessa guerra entre as raças, e as engrenagens do destino começaram a virar a partir de então, empurrando -o para o centro da tempestade, onde o fogo da guerra e da humanidade se entrelaçou.Nesse conflito, suas crenças, emoções e identidade serão testadas sem precedentes.