In questa era, gli umani si sono divisi in due sottospecie: Naturals, che vivono sulla Terra, e i coordinatori, che sono stati geneticamente ottimizzati, hanno una più forte adattabilità, possono resistere alla dura prova dell'ambiente spaziale e vivere in colonie orbitanti che circondano la Terra. Il protagonista della storia è un giovane regolatore, Kira Yamato.La vita originariamente pacifica è stata completamente cambiata dopo che una colonia spaziale neutra è stata razziata dal regolatore.Kira fu costretta a essere coinvolta in questa guerra tra le razze e gli ingranaggi del destino iniziarono a girare da allora in poi, spingendolo al centro della tempesta dove il fuoco della guerra e dell'umanità si intrecciarono.In questo conflitto, le sue convinzioni, le sue emozioni e l'identità saranno testate senza precedenti.