Di era ini, manusia telah dibagi menjadi dua subspesies: Naturals, yang hidup di Bumi, dan koordinator, yang telah dioptimalkan secara genetik, memiliki kemampuan beradaptasi yang lebih kuat, dapat menahan uji keras lingkungan luar angkasa, dan hidup di koloni yang mengorbit di sekitar bumi. Protagonis dari cerita ini adalah adjuster muda, Kira Yamato.Kehidupan yang awalnya damai benar -benar berubah setelah koloni ruang netral digerebek oleh adjuster.Kira terpaksa terlibat dalam perang antara ras ini, dan persneling nasib mulai berbalik sejak saat itu, mendorongnya ke pusat badai di mana api perang dan kemanusiaan terjalin.Dalam konflik ini, keyakinan, emosi, dan identitasnya akan diuji belum pernah terjadi sebelumnya.