À cette époque, les humains se sont divisés en deux sous-espèces: les naturels, qui vivent sur Terre, et les coordinateurs, qui ont été génétiquement optimisés, ont une adaptabilité plus forte, peuvent résister au test sévère de l'environnement spatial et vivent dans des colonies en orbite entourant la terre. Le protagoniste de l'histoire est un jeune expert, Kira Yamato.La vie à l'origine paisible a été complètement changée après qu'une colonie spatiale neutre a été attaquée par le réglage.Kira a été forcée de s'impliquer dans cette guerre entre les races, et les engrenages du destin ont commencé à se tourner à partir de ce moment-là, le poussant au centre de la tempête où le feu de la guerre et de l'humanité s'est entrelacé.Dans ce conflit, ses croyances, ses émotions et son identité seront testées sans précédent.