Trong thời đại này, con người đã chia thành hai phân loài: tự nhiên, sống trên trái đất và các điều phối viên, những người đã được tối ưu hóa về mặt di truyền, có khả năng thích nghi mạnh mẽ hơn, có thể chịu được thử nghiệm khắc nghiệt của môi trường không gian và sống trong các khuẩn lạc quay quanh trái đất. Nhân vật chính của câu chuyện là một điều chỉnh trẻ, Kira Yamato.Cuộc sống hòa bình ban đầu đã được thay đổi hoàn toàn sau khi một thuộc địa không gian trung lập đã bị tấn công bởi người điều chỉnh.Kira đã buộc phải tham gia vào cuộc chiến giữa các chủng tộc này, và các bánh răng của số phận bắt đầu quay lại từ đó trở đi, đẩy anh ta đến trung tâm của cơn bão nơi ngọn lửa chiến tranh và nhân loại đan xen.Trong cuộc xung đột này, niềm tin, cảm xúc và bản sắc của anh sẽ được kiểm tra chưa từng thấy.