इस युग में, मनुष्यों ने दो उप -प्रजातियों में विभाजित किया है: प्राकृतिक, जो पृथ्वी पर रहते हैं, और समन्वयक, जो आनुवंशिक रूप से अनुकूलित किए गए हैं, उनके पास मजबूत अनुकूलन क्षमता है, अंतरिक्ष वातावरण की कठोर परीक्षा का सामना कर सकते हैं, और पृथ्वी के आसपास की उपनिवेशों में रह सकते हैं। कहानी का नायक एक युवा समायोजक, किरा यामाटो है।मूल रूप से शांतिपूर्ण जीवन को पूरी तरह से बदल दिया गया था जब एक तटस्थ अंतरिक्ष कॉलोनी को समायोजक द्वारा छापा मारा गया था।किरा को दौड़ के बीच इस युद्ध में शामिल होने के लिए मजबूर किया गया था, और भाग्य के गियर तब से मुड़ने लगे, उसे तूफान के केंद्र में धकेल दिया, जहां युद्ध और मानवता की आग पर आपत्ति हुई।इस संघर्ष में, उनकी मान्यताओं, भावनाओं और पहचान को अभूतपूर्व रूप से परीक्षण किया जाएगा।