L'histoire se déroule dans "Mobile Suit Gundam Seed", deux ans après que Zaft et Earth ont signé conjointement un traité de paix, à savoir C.E.73.Tout comme la représentante de l'OB, Kagarie Yula Asha, a eu des pourparlers avec le nouveau haut-parleur Zaft Gilbert Durandal, les membres de la terre spéciale conjointe de la Terre "Phantom Pain". Cette poursuite, initialement effectuée par des réfugiés qui ont été exilés à Aubu - Asan Sarah, et l'équipage de la "Minerva" LHM-BB01, ont finalement été transformés en une énorme tempête qui secoue l'ordre mondial, poussant à nouveau toutes les forces au bord de la guerre. La guerre ravive, les engrenages du destin se retournèrent, et un conflit sur la foi, la haine et la rédemption commençait tranquillement.