A história se passa em "Mobile Suit Gundam Seed", dois anos depois que Zaft e Terra assinaram um tratado de paz, a saber, 73. Assim como a representante da OB, Kagarie Yula Asha, realizou conversas com o novo armário de Robbed Gilbert Durandal, os membros da base da Terra, a Base Robbed. Essa busca, originalmente realizada por refugiados que foram exilados em Aubu - Asan Sarah, e a tripulação do LHM -BB01 "Minerva", acabou sendo transformada em uma enorme tempestade que sacode a ordem mundial, empurrando todas as forças para a beira da guerra novamente. A guerra reavivada, as engrenagens do destino voltaram novamente e um conflito sobre fé, ódio e redenção começou silenciosamente.