ストーリーは、ザフトとアースが和平条約に共同で署名してから2年後の「モバイルスーツガンダムシード」に設定されています。つまり、C.E。73。 もともとオーブに追放された難民によって行われたこの追跡 - アサンサラとLHM -BB01「ミネルバ」の乗組員は、最終的に世界秩序を揺さぶる巨大な嵐に変わり、すべての部隊を再び戦争の瀬戸際に押し上げました。 戦争が再燃し、運命のギアが再び回転し、信仰、憎しみ、redいについての対立が静かに始まりました。