เรื่องราวนี้ตั้งอยู่ใน "Suit Gundam Seed" สองปีหลังจาก Zaft และ Earth ร่วมกันลงนามในสนธิสัญญาสันติภาพคือ C.E. 73. เช่นเดียวกับตัวแทนของ Kagarie Yula Asha ของ OB ได้พูดคุยกับผู้บรรยาย Zaft Gilbert Durandal การแสวงหาครั้งนี้ดำเนินการโดยผู้ลี้ภัยที่ถูกเนรเทศไปยัง Aubu - Asan Sarah และลูกเรือของ LHM -BB01 "Minerva" ในที่สุดก็กลายเป็นพายุขนาดใหญ่ที่สั่นสะเทือนโลกผลักกองกำลังทั้งหมดไปสู่สงครามอีกครั้ง สงครามเกิดขึ้นอีกครั้งเกียร์แห่งโชคชะตาหันกลับมาอีกครั้งและความขัดแย้งเกี่ยวกับศรัทธาความเกลียดชังและการไถ่ก็เริ่มขึ้นอย่างเงียบ ๆ