История разворачивается в «Мобильном костюме Gundam Seed», через два года после того, как Зафт и Земля совместно подписали мирное договор, а именно 73 г. до н.э., так же, как представитель ОБ Кагари Юла Аша вел переговоры с новым оратором Zaft Гилбертом Дюрандалом, членами Совместной Специальной силы Земли «Phantom Pain», совершил налет на базу Zaft Angorory и ограбил три новейшую поджига. Это преследование, первоначально осуществляемое беженцами, которые были изгнаны в Обу - Асан Сара, и команда LHM -BB01 «Минерва» в конечном итоге превратилась в огромный шторм, который снова встряхивает мировой порядок, снова подтолкнув все силы к грани войны. Война разжигала, снова повернулись шестерни судьбы, и конфликт о вере, ненависти и искуплении тихо начался.