Câu chuyện lấy bối cảnh "Hạt giống Gundam Suit Mobile", hai năm sau khi Zaft và Earth cùng ký một hiệp ước hòa bình, cụ thể là C.E.73. Giống như đại diện của OB Kagarie Yula Asha đã nói chuyện với người phát ngôn Zaft mới Gilbert Durandal, các thành viên của đội quân đặc biệt. Sự theo đuổi này, ban đầu được thực hiện bởi những người tị nạn bị đày đến Aubu - Asan Sarah, và phi hành đoàn của LHM -BB01 "Minerva", cuối cùng đã bị biến thành một cơn bão lớn làm rung chuyển trật tự thế giới, đẩy tất cả lực lượng ra bờ vực chiến tranh một lần nữa. Chiến tranh nhen nhóm, Gears of Destiny trở lại, và một cuộc xung đột về đức tin, sự thù hận và sự cứu chuộc lặng lẽ bắt đầu.