La storia è ambientata in "Mobile Suit Gundam Seed", due anni dopo che Zaft e la Terra hanno firmato congiuntamente un trattato di pace, vale a dire il C.E.73. Proprio come il rappresentante di OB Kagarie Yula Asha ha tenuto colloqui con il nuovo altoparlante Zaft Gilbert Durandal, membri delle forze speciali della Terra "Fantom Pain" ha fatto irruzione nella base di Zaft e ha marchiato tre dei topi di mobili. Questo inseguimento, originariamente svolto dai rifugiati che furono esiliati ad Aubu - Asan Sarah e l'equipaggio della "Minerva" dell'LHM -BB01, fu infine trasformato in una grande tempesta che scuote l'ordine mondiale, spingendo di nuovo tutte le forze verso l'orlo della guerra. La guerra si riaccendeva, gli ingranaggi del destino si girarono di nuovo e iniziarono un conflitto sulla fede, l'odio e la redenzione.