कहानी "मोबाइल सूट गुंडम बीज" में सेट की गई है, ज़ाफ और पृथ्वी के दो साल बाद संयुक्त रूप से एक शांति संधि पर हस्ताक्षर किए, जैसे कि सी। ई। यह पीछा, मूल रूप से शरणार्थियों द्वारा किया गया था, जिन्हें औबू - आसन सारा, और LHM -BB01 "मिनर्वा" के चालक दल के लिए निर्वासित किया गया था, अंततः एक विशाल तूफान में बदल दिया गया था जो विश्व व्यवस्था को हिलाता है, सभी बलों को फिर से युद्ध के कगार पर धकेल देता है। युद्ध फिर से जागृत हुआ, डेस्टिनी के गियर फिर से बदल गए, और विश्वास, घृणा और मोचन के बारे में एक संघर्ष चुपचाप शुरू हुआ।