Hikaye, Zaft ve Earth'in ortaklaşa bir barış anlaşması imzaladıktan iki yıl sonra "Mobile Suit Gundam Seed" de geçti, tıpkı OB'nin temsilcisi Kagarie Yula Asha'nın yeni Zaft konuşmacısı Gilbert Durandal, Dünya'nın ortak özel kuvvetleri "üyeleri" Phantom'un üyeleri, en son Mobil Suits'e baskın düzenledi. Aslen Aubu - Asan Sarah ve LHM -BB01 "Minerva" mürettebatı için sürgün edilen mülteciler tarafından yürütülen bu arayış, sonunda dünya düzenini sallayan büyük bir fırtınaya dönüştü ve tüm güçleri tekrar savaşın eşiğine itti. Savaş yeniden canlandı, Destiny Gears tekrar döndü ve inanç, nefret ve kurtuluşla ilgili bir çatışma sessizce başladı.