Cerita ini ditetapkan dalam "Suit Mobile Gundam Seed", dua tahun selepas Zaft dan Bumi bersama -sama menandatangani perjanjian damai, iaitu C.E.73. Sama seperti wakil OB Kagarie Yula Asha mengadakan perbincangan dengan pembesar suara Zaft Gilbert Durandal yang baru. Pengejaran ini, yang pada asalnya dilakukan oleh pelarian yang diasingkan ke Aubu - Asan Sarah, dan kru LHM -BB01 "Minerva", akhirnya berubah menjadi ribut besar yang menggoncang perintah dunia, mendorong semua pasukan ke ambang perang lagi. Perang itu kembali, Gears of Destiny bertukar lagi, dan konflik mengenai iman, kebencian dan penebusan secara senyap -senyap bermula.